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2004年2月、テレビ朝日などが日本初の感染と大々的に報じたのは京都府船井郡京丹波町の浅田農産だが、ほとんど報道されていなかっただけですでに大分県、山口県、岡山県、宮崎県などで小規模な発生がみられていた。浅田農産では、これまでにない大量死を不審に思った社長が鳥インフルエンザであることを強く疑ったものの、謎の大量死が発生している旨の匿名の電話通報が保健所にあるまで創業会長の指示で隠蔽したため2次感染を招くほどの事態となった。
しかし、この1例を除けば、迅速な密閉撲滅作戦によりいずれも小規模で終息させ国内での蔓延を免れた。これは日本独自の防疫手法で、ウイルス発生の疑いの段階で、処分・移動停止・畜舎や運送車の消毒が、家畜保健衛生所・民間の獣医師・農家、関係業者らの連携のもと一斉に行われる。鳥インフルエンザの他、過去に口蹄疫も密閉撲滅作戦で鎮圧した。
